Angeborene Fehlbildungen des Mastdarms, Afters oder der Blase können manchmal schon direkt nach der Geburt zu einer Operation mit Stomaanlage führen. Schon im Kindesalter können plötzlich auftretende Entzündungen des Darms, chronisch entzündliche Darmerkrankungen, Missbildungen oder Verletzungen zu einer entsprechenden Stomaoperation führen.

Weitere Ursachen können eine schwere Harn- oder Stuhlinkontinenz, eine Schrumpfblase, Lähmungen oder andere seltene Erkrankungen des Darms oder der Blase sein.